Popis heraldického symbolu: Vlajka Vodňan se skládá ze čtyř stejně širokých vodorovných pruhů, které se střídají v barvách zelené a žluté. Začíná zeleným pruhem nahoře, následuje žlutý, opět zelený a dole je žlutý pruh. Vlajka je obdélníková s poměrem stran 2:3, tedy je širší než vyšší.
Udělení vlajky k datu: 26. 4. 1996
Rozhodnutí o vlajce, číslo: 100
Dominantní prvky vlajky: pruhy
Důležíté barvy: zelená, žlutá
| Vlajka vesnice Dolní Roveň - Vlajky Vodňan a Dolní Rovně používají stejné barvy – zelenou a žlutou. Motiv obou vlajek tvoří vodorovné pruhy v těchto barvách, u Dolní Rovně doplněné o širší zelený žerďový pruh. |
| Vlajka vesnice Dasnice - Vlajky Vodňan a Dasnic využívají stejných barev, zelené a žluté, uspořádaných do vodorovných pruhů. Vodňanská vlajka má tyto pruhy čtyři, Dasnická dva. |
| Vlajka města Moravský Beroun - Vlajky obou obcí používají stejnou barevnou kombinaci zelené a žluté v horizontálním uspořádání. Vodňanská vlajka má tyto pruhy čtyři, Moravský Beroun dva. |
 | Vlajka obce Stožice další informace... |
 | Vlajka obce Chelčice další informace... |
 | Vlajka obce Libějovice další informace... |
 | Vlajka obce Číčenice další informace... |
 | Vlajka obce Truskovice další informace... |
| Město Vodňany má udělený také oficiální obecní znak. |
| Obec: | Vodňany |
| Okres: | Strakonice |
| Kraj: | Jihočeský |
| Typ obce: | město |
| Počet obyvatel: | 7483 |
| Katastrální výměra: | 3634 ha |